在發酵的過程中，輕度染菌會影響到本批發酵產品的單位和收率，還可能會為下批生產埋下繼續染菌的禍根，嚴重的染菌除嚴重影響產品產量和質量外，很可能造成生產不能有序進行或無法進行。尤其是玻璃發酵罐處在發酵的后階段，其染菌直接影響到產品優劣和得率。

　　

　　造成染菌的原因：

　　

　　1、結構符合生產工藝要求，制作精細的發酵罐是保證生產正常運行的前提，及時檢修是保證生產順利、有序進行的必要措施。

　　

　　2、玻璃發酵罐內擋板、蛇管、支架等部件的合理尺寸，合理安裝，攪拌槳類型的合理選用是保證發酵罐罐內狀態的必須因素。

　　

　　3、靠罐閥門是直接接觸發酵液的，這類閥門因承壓關系易出現泄漏或料液倒流而結垢、墊片受損程度大、緊固螺帽脫落及密封圈破損等情況，而這些情況若不及時解決，可能造成染菌。

　　

　　4、移種管路由于使用頻繁，其中會有積料，而這些積料在下次管道消毒時會積于移種二道閥，也可能會使移種管路抗生素閥堵塞而造成管道消毒不*，從而導致玻璃發酵罐染菌。

　　

　　解決染菌的途徑：

　　

　　1、物料應存放于干燥通風之處，嚴格控制庫內溫度、濕度避免受潮變質，同時應有足夠的空間存放物料，并且做到“先入先出”，免于長期密集堆壓而結塊、發熱變壞；把控來料質量，穩定產地，級別要合乎標準。

　　

　　2、控制合適的打料體積，打料體積過小，裝料系數低，發酵總億下降；打料體積過大，易出現泡沫頂罐引起跑料、染菌，造成損失。